Wenn die Schwalbe so lang stand und vor allem nach der Sache mit dem Wasser nicht wirklich durchgecheckt wurde, dann würde ich mir alle Baugruppen mal anschauen. Sprich Vergaser reinigen, Luftzufuhr überprüfen, Fahrwerk anschauen - Kette, Ritzel und Hinterradmitnehmer überprüfen, Auspuff auf Durchlass checken. *Ich sehe du hast Einiges schon überprüft, aber sind die Sachen wirklich alle in Ordnung?
Was den Motor betrifft hat dieser ja bereits einen Ölwechsel hinter sich um aber auf ein mögliches Problem im Motor zu schließen würde ich den Motor mal warm fahren (Im ersten Gang oder im Standgas) und das Getriebeöl noch einmal ablassen, jetzt kannst du anhand des Getriebeöls den Motor auf Verschleiß, Rost, Verschmutzung hin überprüfen.
Wie tief stand die Schwalbe im Wasser? Von Elektrik habe ich nichts gelesen, also ist diese i.O.? Stand das Wasser bis über den Zylinder? Würde gegebenenfalls die Suche im Brennraum, am Kolben, der Kurbelwelle fortsetzen.
Hast du die Zündung nach dem Wasser mal überprüft? Ist der ZZP vielleicht zu früh? Wie genau ist das Geräusch des Anschlagens - nagelnd, klingend, vibrierend?
Liebe Grüße, Fehlzündung